Se me olvidaba, yo cuando restauró el backup ya te comenté cómo lo hago.
Reinicio en Recovery
Format Data, esto siempre, es fundamental.
Reinicio nuevamente en Recovery.
Wipes excepto Micro SD y memoria interna.
Flasheo ROM, Gapps.
Inicio el sistema sin configurar nada
Vuelvo al Recovery y únicamente restauro la partición Data.
Es algo personal, hay muchas formas de hacerlo pero esto me parece la más limpia teniendo en cuenta la restauración de tus aplicaciones y sus datos.