Desde mi corta experiencia con twrp, con ninguna de las versiones que he probado (incluyendo la 3.1.1-0, gracias machetazomx
) he tenido ese problema que indicas
Tiene toda la pinta de haber algún problema con la partición
Después de poner a salvo los datos importantes, lo que haría es entrar en TWRP Wipe/Advancaed Wipe y marcar la particón Data que es la que parece que tiene problemas y a continuación entrar en la opción "Repair or Change File System" donde hay información de la partición y algunas opciones de reparación
A ver si tienes suerte. Posiblemente ya lo hayas intentado antes pero es necesario antes de hacer algo más drástico